Il Dipartimento Sanità Territoriale PA-ME-CL ha competenza nella diagnosi e lo studio delle malattie delle specie di interesse zootecnico, si occupa della diagnosi e della ricerca delle patologie e delle malattie infettive e diffusive che colpiscono sia gli animali da reddito, di affezione, specie selvatiche e degli agenti di malattie a carattere zoonotico.

L'Utenza è rappresentata dai Servizi Veterinari Provinciali (A.S.P.), Istituzioni Pubbliche e Private, Assessorato della Salute e delle Politiche Agricole e Forestali, Medici Veterinari libero professionisti, NAS, Capitanerie di Porto, Centri di Recupero della fauna selvatica, Cittadini e Consumatori. 

Il Dipartimento è articolato in tre Aree Territoriali:

Attraverso i suoi laboratori, il Dipartimento si occupa del controllo microbiologico degli alimenti di origine animale destinati al consumo umano e degli alimenti ad uso zootecnico a fronte di controlli programmati da piani sanitari comunitari, nazionali, regionali e delle richieste dell'Utenza, effettua la diagnosi sierologica nei confronti delle malattie regolamentate da piani sanitari nazionali di controllo e di eradicazione quali brucellosi e leucosi bovina enzootica, anemia infettiva equina e altre malattie infettive di interesse veterinario e della diagnostica microbiologica di altre malattie regolamentate da Piani di eradicazione e controllo come tubercolosi e salmonellosi. 

Fornisce inoltre assistenza alle realtà allevatoriali in merito a problematiche relative a mastiti ed infertilità, nonché opera nel settore della parassitologia veterinaria (1) come diagnostica delle malattie parassitarie di interesse medico e veterinario degli animali appartenenti a specie domestiche e selvatiche e (2) come studio delle malattie parassitarie dal punto di vista epidemiologico, dal punto di vista delle strategie di controllo e profilassi, nell'ambito della  assistenza ad allevamenti e produzioni.

Con il supporto del laboratorio di Ittiopatologia, il campo di attività del Dipartimento coinvolge anche le patologie della fauna ittica e marina in genere.

Al Dipartimento di Sanità Territoriale Interprovinciale PA-ME- CL afferisce il Ce. Me. Ri.T. che svolge attività di: